舟曲县地处南秦岭山地，地势西北高，东南低，是典型的高山峡谷区，气候属温暖带区，“一江两河（白龙江、拱坝河、博峪河）”贯穿其中，地形地貌复杂，自然灾害频繁。

    战国末期，秦昭王二十七年（前280）秦自陇西发兵联蜀灭楚，定陇西郡。二十八（前279）置陇西郡后，始置有羌道，今洮河以东地区，包括舟曲、武都县大部地方始入秦疆域。羌道治所今舟曲西北。

    前221年，秦始皇统一中国后，至西汉武帝建元时期（前140—前135年），羌道仍属陇西郡。

    汉武帝元狩六年（前117年），李广征西，于羌道初置武都郡（本广汉西部都尉），治所今舟曲西关。武帝元鼎六年（前111）汉开西南夷，于洛峪另置武都郡。羌道归陇西郡。武帝改道曰县。

    东汉武帝建武九年（33），马成破河池，遂平武都。羌道县属武都郡西部都尉治。

    三国魏黄初中，魏以陇南为武都西部都尉署理，治所羌道县境。蜀汉建兴六年（228），蜀丞相诸葛亮伐魏，遣陈式攻取武都、阴平二郡，羌道县属梁州武都郡（今舟曲西属阴平郡）。后，诸葛亮、姜维屡出兵陇上，扩充实力，以图中原。舟曲西、南部一度为蜀将姜维屯田的沓中地区。

    西晋武帝太康元年（280），司马炎统一全国，羌道县废，地属武都郡。

    西晋末年，北方战火连绵，一些汉贵族和少数民族豪强割据势力日烈。以白龙江流域为活动中心的参狼羌支宕昌羌豪勤得羌豪心，乃自称王。西晋怀帝嘉元年（307）划地称宕昌国，至周武帝天和元年（566）间，今舟曲境皆属宕昌国。宕昌国时期的东晋、十六国时代，为雍秦二州武都郡，南秦州武都郡、仇池郡。北魏时为南秦州，东益州武都郡。北周武帝天和六年灭宕昌后，以宕昌置宕州，设宕州总管府，并辖宕昌郡，舟曲地属甘松（治怀道）、宕昌两郡。

    隋开皇四年（584），罢郡，以州统县。今舟曲属宕州。炀帝大业元年（605年），改宕州为宕昌郡，今舟曲仍为宕昌武都郡辖地。

    唐初废郡置州，以州领县。高祖武德元年（618）设陇右道宕州、阶州（武州）。宕州辖怀道、良恭、和戎，舟曲地属怀道县和福津县地。二年，宕州隶秦州总管府。四年属岷州总管府。唐太宗贞观元年（627），宕州与怀道移治今舟曲西。三年（629），撤和戎，入怀道县。唐玄宗开元二年（714），置陇右节度使，今舟曲属陇右宕州。天宝元年（742），宕州改为怀道郡，治所怀道县。安吏之乱后肃宗至德三年（乾元元年，758），怀道郡改为宕州。肃宗上元二年（761），宕州怀道县具陷于吐蕃。唐末至五代，舟曲境仍在吐蕃势力范围。

    北宋初年，位河湟一带的吐蕃口角 厮口罗建立地方政权，今舟曲在其控制之下。宋徽宗建中靖国元年（1101），王韶收岷、宕、洮、叠四城，今舟曲境归宋秦风路阶州福津县。

    高宗绍兴二十年，今舟曲为福津县故城镇，辖平武、沙滩、峰贴峡寨。

    蒙古汗国至元三年（1266），元帅汪完者帖木耳镇守西固。

    元世祖忽必烈至元八年（1271），废福津县，并入阶州，属陕西行省巩昌总帅府，舟曲境为阶州辖地。至元二十六年（1289），立西固城军民千户所。翌年，旋改蕃汉军民千户所。元惠宗至二十七年（1367），改置西固蕃汉军民上下千户所，属阶州。

    明太祖洪武七年（1374）置巩昌府西固城等千户所。十一年（1378），岷州卫领西固军民千户所（军民千户所有四）。十四年，改称西固城军民守御千户所，属陕西都司。翌年，旋改为西固城守御军民千户所，隶岷州卫民指挥使司直辖。万历六年（1578），西固分设阶州州同。民事、军事分治。

    清世祖顺治二年（1645），改置西固守御所千总。顺治十二年（1655），西固御所千总并阶州，设州同。雍正三年（1725），西固隶巩昌府。七年，黑峪土司改土归流，西固辖。因西固番人慕化，编民户四里，裁西固守御所，设抚彝同知。乾隆元年（1736）裁西固抚彝同知，仍设州同，隶阶州直隶州。

    民国2年（1913），以西固分州改置西固县，隶陇南道。后改渭川道。16年（1927）废道，西固县直隶于省、改里为村。民国27年（1938），西固县划入第一行政督察区。1944年划入第八督察区，专员公署驻武都。

    中华人民共和国成立后，国家实行省、专区（州、市），县（市、区）三级地方行政体制。1949年12月10日，西固全境解放，西固县人民政府成立，隶武都专区。1954年，以西固县官亭、沙湾、富坪3乡和岷县东南部析置宕昌县（县人民政府驻宕昌），西固县改设舟曲行政委员会，属甘南自治区。

    1955年，甘南自治区更名甘南藏族自治州，所辖舟曲行政委员会改为舟曲县。境内有白龙江，藏语称为舟曲，因水为名。

    1955年12月26日国务院批复同意撤销甘南藏族自治州原属的舟曲、碌曲、玛曲3个行政委员会的组织，并分别设舟曲县、碌曲县、玛曲县。舟曲县管辖的区域是：原宕昌县（原名西固县）的峰叠区、武坪区、城关区、阳乡，原属岷县的洛大乡、官鹅乡、大河坝乡和原属武都县的坪牙乡等地区，并且把这些地区调整为3个区、25个乡。县人民委员会驻原西固县城。4月9日成立。

    1959年1月，舟曲县改名龙迭县，1962年恢复舟曲县。

    2002年6月25日，甘肃省民政厅甘民区复字[2002]21号批复：撤销城关乡、大川乡，设立城关镇、大川镇。调整后，舟曲县辖2个镇、20个乡：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、弓子石乡、中牌乡、南峪乡、三角坪乡、池干乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、铁坝乡、大年乡、博峪乡。

    2005年12月13日，甘肃省民政厅甘民区复[2005]59号批复：撤销弓子石乡、中牌乡，合并设立东山乡，乡政府驻地设在鲁家村；撤销其三角坪乡、池干乡，合并设立果耶乡；撤销其大年乡、铁坝乡，合并设立曲告纳乡，乡政府驻地设在拱坝河与铁坝河汇合处。

    2005年末，舟曲县辖2个镇、17个乡：城关镇、大川镇、巴藏乡、曲瓦乡、立节乡、大峪乡、憨板乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、东山乡、南峪乡、果耶乡、八楞乡、曲告纳乡、拱坝乡、搏峪乡、插岗乡、武坪乡。共有3 个居委会、210个村委会、528个村民小组，32687户134188人，3010平方千米。

    2008年末，全县面积3010平方千米，农业人口2.76万户12.28万人。辖2个镇、17个乡：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、东山乡、南峪乡、果耶乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、曲告纳乡、博峪乡，210个行政村，531个村民小组。

    2010年第六次人口普查，舟曲县常住总人口132108人，其中，城关镇21967人，大川镇5723人，曲瓦乡4370人，巴藏乡5040人，大峪乡5114人，立节乡5282人，憨班乡4907人，峰迭乡10945人，坪定乡5091人，江盘乡5149人，东山乡10639人，南峪乡4092人，果耶乡9063人，八楞乡4141人，武坪乡5656人，插岗乡3162人，拱坝乡5563人，曲告纳乡11581人，博峪乡4623人。

    2013年，撤销峰迭乡，设立峰迭镇。2015年，省民政厅（甘民复〔2015〕154号）批复同意撤销立节乡，设立立节镇。

   截止到2011年，舟曲县辖2个镇、17个乡，210个行政村，403个自然村：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、东山乡、南峪乡、果耶乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、曲告纳乡、博峪乡。

    2010年发生特大泥石流地址灾害后，新建峰迭新区，为舟曲灾后重建的主要规划安置区，是舟曲县的居住、教育、文化、经济服务中心，兼有部分行政管理和旅游服务功能。